La intensa campaña militar realista y las disputas por el liderazgo insurgente entre Morelos y la Junta de Zitácuaro motivaron la derrota del movimiento del bando independentista y Morelos cayó prisionero. Fue sometido a juicio civil y eclesiástico, y el día 27 de noviembre fue declarado hereje, por lo cual fue degradado. El 20 de diciembre, Félix María Calleja lo condenó a muerte, dos días después fue fusilado en San Cristóbal Ecatepec, en el actual Estado de México.